箱根神社の起源は、2400年以上前に始まった箱根山の最高峰である神山（1,438m）を御神体とする山岳信仰であると言われています。今の地に神社が建てられたのは757年のことで、瓊瓊杵尊（ニニギノミコト）、木花咲耶姫命（コノハナサクヤヒメノミコト）、彦火火出見尊（ヒコホホデミノミコト）の御三神がお祀りされています。瓊瓊杵尊と木花咲耶姫命は夫婦であり、その子供が彦火火出見尊になります。この彦火火出見尊の誕生に由来して、境内には子授け安産を象徴する「安産杉」という杉の大木があります。
安産杉
また、箱根神社には九頭龍伝説が語り継がれています。その伝説とは次のようなものだそうです。むかしむかし、九つの頭を持つ龍が芦ノ湖に住んでおり、しばしば荒れ狂っては里の住人を苦しめていました。そこで、この神社を建立した万巻上人という方が湖に向かって祈祷したところ、九頭龍は改心して帰依したので、上人はこの九頭龍を龍神として手厚くお祀りしたということです。それが箱根神社から芦ノ湖沿いに北西に4kmほど行った所にある九頭龍神社本宮です。さらに2000年には箱根神社の本殿に隣接して九頭龍神社新宮が建立されました。
九頭龍神社新宮（現在は改築中のため非公開）
